Ғылыми-зерттеу жұмыстарын жетілдіру бойынша институт басшылығының қолданған шаралары АрқМПИ-дің әлемдік білім беру мен ғылыми қоғамдастықта бірлесу арқылы міндеттерді атқаруға бағытталған. 2013-2018 жылдарға институт қызметінде ғылыми-зерттеу дамыту бағдарламасы әзірленді. 
Институттың ғылым бөлімшесімен қоса келесідей бөлімдер қызмет атқарады:
1. Халықаралық байланыс пен ғылыми жұмыстарды ұйымдастыру бөлімі
2. Институттың білім беру тарихының мұражайы
3. Психологиялық-педагогикалық кешен 
Институт кафедраларындағы ғылыми–зерттеу жұмыстары «Жоғары оқу орындарындағы ғылыми-зерттеу жұмысы. Негізгі ереже», «ҚР білім беру жүйесі», 5.03.011-2006 ж ҚР МЖБС, «Білім беру туралы», «Ғылым туралы» Қазақстан Республикасының заңдарына сәйкесі іс жүзеге асырылады.
Ғылыми-зерттеу жұмыстар негізінде студенттер мен профессор-оқытушылар құрамының ғылыми-теоретикалық, оқу-әдістемелік үрдістің мәнгілік құндылықтары қалыптасқан. Институттың материалдық-техникалық базасы оқу-зерттеу жұмыстарын өткізуге мүмкіндік береді.

Кафедралар бойынша 2014-2015 ж. барлығы 4 монография, 39 оқу-әдістеме құрал, нұсқаулық және электронды оқулықтар, 420 ғылыми мақала жоспарланған. Оның ішінде 2 монография, 50 оқу-әдістеме құралы, нұсқаулық, электронды оқулықтар және 319 ғылыми мақала басылымнан шықты.
Барлық кафедраларда оқу-әдістемелік құрал, сілтемелер және мақала басылымдарын жоспарлау мен орындауда айырмашылық байқалады, орындау жағынан жоспар көрсеткішінен асып түскен Педагогика және психология, Қазақстан тарихы, құқық және экономика негіздері, математика және физика кафедраларын санамағанда. Кафедраларға міндетті түрде жоспармен жұмыс істеп және өз мүмкіндігін бағалап үйрену керек. Ғылыми баспадағы ғылыми зерттеулер, оқу-әдістемелік құрал және сілтемелердің ең көп басылым көрсеткіші педагогика және психология, математика және физика кафедраларында байқалады.Жалпы алғанда, өткен жылмен салыстырғанда институт бойынша ғылыми мақалалардың саны (2012–2013 ж. 406, 2013-2014 ж.–342, 2014-2015 ж. – 371) жоғарлады. Шетелдік және БҒСБК ұсынған басылымдар саны біраз төмендеген.
Кафедралар ПОҚ ғылыми мақалаларын белсенді түрде шетел баспаларында жариялауын жалғастыруда. 2013-2014 жылдары жалпы көлемі-17,22 б.бетті 38 жұмыс Ресейде (Москва қаласы, Санкт-Петрбург, Волгоград, Магнитогорск), АҚШ (Нью-Йорк,, Сител), Чехияда (Прага қаласы), Германияда (Фрайбург қаласы), Қырғызстан, Өзбекстан, Украина, Болгария, Түркия, Испания ғылыми баспаларында, SCOPUS, РИНЦ базасында, импакт-факторларымен журналдарда жарияланды.
2013-2014 жыл ішінде институттың 116 қызметкері 74 ғылыми-тәжірибелік конференция, семинар, көрме, форумдарға қатысты, соның ішінде 45-халықаралық, 18-республикалық, 6-аймақтық конференция және 5 семинар.
Институт қабырғасында Ғылыми-зерттеу жұмыстар аясында есеп беру кезеңінде оқу орын ішінде 39 ғылыми-тәжірибелік конференция, семинар, дөңгелек үстел және ғылыми жұмыстар байқауы өткізілді.
Институттың ғылыми-зерттеу жұмыстарын тиімді бағалау механизмі көлем көрсеткіші мен сапасы бойынша басылым саны, конференцияларға қатысу, оқу үрдісіне ҒЗЖ енгізу және т.б.с. нәтижесі бағаланатын ғылыми-зерттеу жұмыстары бойынша бөлімдердің жыл сайынғы есеп беру жүйесін мойнына алады. ЖОО әкімшілігімен жүйелі түрде ПОҚ мен студенттердің қанағаттанушылық деңгейі бойынша тексеріс өткізеді.
Қорқыт ата атындағы Қызылорда мемлекеттік университеті «Халық тарих толқынында» жоба аясында I-дәрежелі дипломмен «Тарих» мамандығының 3курс студенттері Дастан Мұхтарды, Жансая Қонисбекованы, Гүльназым Мұқашеваны, Ақерке Жақыпбекті марапаттады.